初之音 - 生物

使用 GSDS 绘制基因结构图

mikusa — Thu, 23 Apr 2020 01:04:00 +0800

GSDS 是由北京大学生物信息学中心提供的用于显示基因外显子、内含子、保守元件的组成和位置的一个在线服务，全英文界面。由于有些地方不是很好操做，这里把我的步骤列在下面。 GSDS 2.0 目前提供四种格式：BED、GenBank Accession Number or GI、GTF/GFF3 和 sequence (FASTA)。前三种我都不会，所以不讲。选中 sequence (FASTA) 格式后，要求上传 CDS sequence (FASTA) 和 Genomic sequence (FASTA) 两种文件。 CDS sequence (FASTA) 可以批量获取。打开 NCBI Batch Entrez，选择Protein，上传登陆号文件，具体参考这个。旁边 Send to 的时候选择 FASTA CDS 就可以。而 Genomic sequence (FASTA)...

阅读全文

使用 MEGA 构建系统进化树

mikusa — Fri, 10 Apr 2020 17:36:00 +0800

之前「构建系统发育树」一文中已经大致介绍了 MEGA 的使用方法，但有些地方没说清楚，这里就现有资源再解释(shǔi)下。有纰漏的地方还请多多指正。使用 BLAST 收集同源序列可以参考「这里」，只是这种收集方法到的序列包含多个物种。如果需要和特定物种进行同源比对，如常用的模式植物拟南芥、水稻，在搜索过程中会有些问题。下面以这两个物种为例，给出我的解决方法。获取拟南芥基因序列，主要用到两个网站： TAIR：https://www.arabidopsis.org/；PlnTFDB：http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ TAIR（拟南芥信息资源）提供大量拟南芥的数据，包括完整的基因组序列、基因结构，基因产物信息，基因表达，DNA和种子库，基因组图，遗传和物理标记，出版物以及有关拟南芥研究社区的信息。 PLANT TRANSCRIPTION F...

阅读全文

使用 MapChart 绘制染色体定位图

mikusa — Tue, 31 Mar 2020 12:22:00 +0800

MapChart is a great charting tool for genetic linkage studies……唉不管它是啥了，这里我们用来绘制基因在染色体上的定位图片。首先进入 MapChart 主页：https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm ，我们需要下载两样东西，一是软件本体，二是软件的许可文件。在这里下载 MapChart 2.32，下载下来是一个程序。在这里下载许可文件，下载下来是一个压缩文件。当然，贴心的我已经给你下载好了，如果你下不动的话。点这里然后是安装。安装的时候可以一路 Next ，这里要注意安装路径。我们可以更改安装 MapChart 的位置，但要记住安在哪里了。然后将许可文件解压，得到，把这个文件复制到 MapChart 的安装路径里，MapChart 就可以正常使用了。使用 MapCh...

阅读全文

使用 SMART 分析基因序列

mikusa — Tue, 24 Mar 2020 22:38:00 +0800

经过前面的蛋白序列比对，我们已经获得了目标蛋白序列，接下来就要利用 SMART 这类在线分析工具进行蛋白质结构域的分析。并不专业，仅供参考，如有错误请指正，谢谢！ SMART 是一个集成了蛋白结构预测和功能分析的在线工具，可以用来预测、分析蛋白结构或是功能，对于初学者来说只要掌握使用方法就够了，毕竟再详细的使用方法我也不会。（我连结果都看不懂……）SMART有两种模式，正常模式(Normal Model)使用的数据库包含 Swiss-Prot，SPTrEMBL 和稳定的 Ensembl 蛋白质组。基因组模式(Genomic Model)仅使用完全测序的基因组的蛋白质组。如果对结果需求较高，推荐使用基因组模式。所以下面以正常模式为例。进入正常模式的搜索界面在 Sequence ID or ACC 框中输入序列标识符（ID）或登录号（ACC），也可以在 Protein sequen...

阅读全文

使用 HMMER 分析基因序列

mikusa — Wed, 11 Mar 2020 22:26:00 +0800

HMMER 是生物信息学上用来分析基因序列的一款软件，可以快速确定两组序列之间的相似程度，目前最新的版本为 3.1。可是HMMER官网目前只提供 Linux 版，Windows 版处于停更的状态。也许跑序列分析的软件在 Linux 上才能用得顺溜？不过瞥了一眼官方文档，上面说道：「我们从2011年起就在进行 HMMER4 的开发，但一直处于缓慢开发的状态」，这可能才是 Windows 端 HMMER 真正的停更理由。既然不能为了使用 Linux HMMER 特地开个虚拟机（好像也不是不行），那就找找看历史版本。通过已知的 Linux 版下载链接，发现 HMMER 把所有的历史软件都放在这个地方备份着，因此得知最后一个 Windows HMMER 版本为 3.0。传送门 / 备份下载、解压之后，是一堆看不懂的东西，没有可以直接双击打开的文件，大概是需要敲命令才能启动程序。搜索了...

阅读全文

构建系统发育树

mikusa — Sun, 14 Apr 2019 13:04:00 +0800

这次的作业是构建系统发育树，又是生物信息学的。利用NCBI的blast工具寻找同源序列，随后保存为fasta格式。下载的fasta文件尽量使用英文或数字命名，且保存fasta文件的目录不可包含中文。这里用上次的作业进行演示。上次得到的序列：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_198372.1?report=genbank&log 点击，查找同源序列。等待一段时间后，得到BLAST出的同源序列，选择一些相同的序列合并做多重比对。这里选中前三十条，点击。下载保存为FASTA。使用导入上述FASTA格式文件。如果遇到打不开序列的问题，可能是文件存储路径有中文或空格，注意改正。 Clustalx地址：http://www.clustal.org/clustal2/ 在页面找到“Download Clustal W/X”，点击“avai...

阅读全文

利用已知 DNA 序列查找对应蛋白质

mikusa — Sun, 07 Apr 2019 21:59:00 +0800

这是生物信息学的假期作业，。查找下面序列对应什么基因，编码的什么蛋白，并进行蛋白质的物理性质（分子质量、氨基酸组成、等电点pi）、二级结构、结构域、疏水性、信号肽、跨膜结构及亚细胞定位分析。截图并作简要陈述。序列如下 nTAAACGTTTCCCTTATCTCTCTCTCTCTCTCCACTCCAATGGGGACTCTCACCAGCGTCGCTTTTGCCGCTGCCGTTAACATTAGATTCCGATCATTTCACCGGGAAAACATTAAGACAACAATTACAACTCTGCCCAAATGGCAAAAGAGACTCTGTTTCTCTTCTACAGAGGATTCTCATAGATTTAGGATTGCAAAGTGTTTAGGCAATGACGAAAACAGTAACAGAGACGACAGTATCGGAGAAAACGGAGAAACCCACAAGTCTTCGGTTGTTAAAACGG...

阅读全文

食品分析课上有趣的案例

mikusa — Mon, 25 Feb 2019 17:40:00 +0800

这学期有门现代食品分析课，第一节课比较水，老师课上举了几个例子，挺有趣的，分享给大家。有谣传虾和柠檬不能一块吃，但你随便搜下就会发现有道菜叫做“柠檬虾”。有些谣言比较令人信服就在于，它并不是没有科学依据。虾等软壳类食物含有大量浓度较高的五钾砷化合物（无毒），在与维生素C发生氧化还原反应之后，转变为有毒的三价砷（三氧化二砷），即俗称的砒霜。砒霜的威力大家也在各种古装剧中见识过了，口吐白沫七窍流血，死相非常难看。但实际上，日常生活中将虾与柠檬一起食用并无碍。而且还很好吃。（据说很好吃，我没吃过柠檬虾。）那么一个人要吃多少虾才足以中毒呢？根据我国国家标准GB2762-2005，虾蟹类无机砷的上限是0.5mg/kg鲜重。也就是每千克鲜虾中，含无机砷不能超过0.5毫克。对于健康的成年人来说，砒霜的经口致死量约为100~300mg。按100mg砒霜来算，其中含有的砷元素为75mg（1...

阅读全文

醋酸菌的分离纯化及初步鉴定

mikusa — Tue, 27 Nov 2018 22:44:00 +0800

基础培养基：葡萄糖1％，酵母膏1％，无水乙醇3％vol，pH 4 .5；；分离培养基：基础培养基加入琼脂2％，碳酸钙2％，无水乙醇3％v01；；斜面保藏培养基：基础培养基加入琼脂2％，碳酸钙1％，无水乙醇3％vol；；产酸培养基：基础培养基经灭菌冷却后加入7％vol无水乙醇，分装250mL三角瓶，每瓶50mL 。以上培养基均经过121℃灭菌20min；碳酸钙经过干热灭菌(165℃、30min)。培养基灭菌结束后，待温度降至70℃时加入碳酸钙和无水乙醇。菌源制备—扩大培养—稀释分离—菌株纯化—斜面保藏—产醋酸定性试验—菌株初筛—菌株复筛—稳定性试验将醋曲、腐烂苹果取少量用无菌生理盐水浸泡1小时后，进行扩大培养。从自然发酵的苹果醋液、醋曲液、腐败苹果液中称取10g醋样于盛有100mL基础培养基的500mL 三角瓶中，在30℃、120r/min条件下振荡培养48h。取1...

阅读全文

PDA培养基的配制方法及流程

mikusa — Sat, 26 May 2018 23:30:00 +0800

PDA培养基，即马铃薯葡萄糖琼脂培养基，在生物各种大大小小的实验上都有使用。名称：马铃薯葡萄糖琼脂培养基；英文：Potato Dextrose Agar；用途：供霉菌和酵母菌计数及分离培养(GB4789.15-2010和ISO标准)。；原理：马铃薯浸出粉有助于各种霉菌的生长，葡萄糖提供能源;琼脂是培养基的凝固剂，氯霉素可抑制细菌的生长可根据需求按比例缩减配料马铃薯(去皮)：200g；葡萄糖：20g；琼脂：20g；水：1000mL；pH值：自然；氯霉素 0.1g（可有可无，以实验为准）称量去皮马铃薯200g，葡萄糖20g，琼脂15--20g。将马铃薯切成小块，放入锅中，加水1000ml，煮沸30min。用纱布滤去马铃薯残渣。加入葡萄糖、琼脂。葡萄糖溶解后，加入适量的水以补充加热过程中损失的水分，定容至1000ml。根据不同的实验目的，可将配制的培养基分装于试管内或三...

阅读全文